但是最后科考队的科学家用飞船引擎使得亚特兰蒂斯城从崩溃的大陆上分离出来，并承载着奥林匹斯山逃入了一个世界。
科考队留下的幽能塔保护了亚特兰蒂斯让他们的继续生存了几十万年。但是在几十万年后，一个被深渊毁灭的遗迹与亚特兰蒂斯发生碰撞，深渊感染了死亡的亚特兰蒂斯人，在亚特兰蒂斯浮空岛上发生了激烈的战斗。科考队留下的幽能塔保护了亚特兰蒂斯让他们的继续生存了几十万年。但是在几十万年后，一个被深渊毁灭的遗迹{{黑幕|维斯卡星环碎片}}与亚特兰蒂斯发生碰撞，深渊感染了亚特兰蒂斯人，为此亚特兰蒂斯人展开了激烈的战斗。
一个被从天而降的亚特兰蒂斯浮空岛砸中误入宏世界航道的妖怪后被帝国军。在帝国得知亚特兰蒂斯浮空岛确切地址后，立马组织了部队前往增援。失控的亚特兰蒂斯浮空岛误入宏世界航道砸中了某个妖怪后，迫降在附近的一个世界中。新帝国通过战争领袖阿瑞斯激活的卡奴拉奴圆盘，重新获得了亚特兰蒂斯浮空岛的世界坐标，立马组织了部队前往增援。在经过一众妖怪的努力和帝国军的大力相助下，把亚特兰蒂斯浮空岛送到了地月之间，并清理了浮空岛上和幻想乡的深渊污染。在经过一众妖怪的努力和帝国军的大力相助下，把亚特兰蒂斯浮空岛送到了地月之间，将深渊控制在浮空岛上，并清理了浮空岛上和幻想乡的深渊污染。
之后通过阿瓦隆的“阿波罗之门”把浮空岛送到了阿瓦隆。在解放亚特兰蒂斯浮空岛的战斗中，战争领袖阿瑞斯汇合族人带来了帝国回归的消息，并带领族人在珊多拉的命令下收缩防线，减少损失。等待帝国部队登陆后解放整个浮空岛。 解放了浮空岛了以后，亚特兰蒂斯人付出了三分之二人口的战损，为此亚特兰蒂斯人在城市中央广场上，将战死的族人和感染者尸体集中在一起。举行了安魂仪式，最后在潘多拉姐妹执行最后的仪式步骤，将所有尸体化为浮空岛的能量，使之永远成为浮空岛的一部分。 之后新帝国通过阿瓦隆的“阿波罗之门”把浮空岛送到了阿瓦隆。 亚特兰蒂斯最后重新成为了帝国眷族，再次为了神明而战。
==补充==
*在阿瓦隆里由奥林匹斯山上的十二个主神手动控制绕着大陆运动（亚特兰蒂斯的运作流程本来已经确定了下来，可以由自动驾驶来完成。但是由于亚特兰蒂斯人的固执与执拗和对神之造物的重视与谨慎使用，让他们决定由十二位主神轮流手动控制）。